视界:ecFlow 5为成员国带来好处
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本文正文内容翻译自 ECMWF Newsletter Number 166 - Winter 2021 由 Avi Bahra、Iain Russell 和 Sándor Kertész 撰写的文章《ecFlow 5 brings benefits to Member States》,版权归原作者所有。 翻译底稿来自 Google 翻译。
正文
管理大规模数据密集型计算过程的工作流是一个日益严峻的挑战。 这些工作流必须是可重复,高度可用,可监视和准确的,同时仍要灵活地支持更改。 在 ECMWF,ecFlow 应对了这一挑战,ecFlow 是内部开发的工作流软件包,可以满足中心及其成员国和合作国不断变化的要求。
ecFlow 面向通用用途设计,但已根据天气和气候科学的业务和研究需求进行了适配。 例如,ecFlow 在 ECMWF 有多种用途,包括研发实验运行,业务模式运行,数据后处理和归档以及软件构建。
ecFlow 使用户可以在受控环境中运行大量程序,这些程序相互之间以及在时间上都有依赖关系。 它提供对硬件和软件故障的良好容忍度,并允许受控重启。 服务端,客户端和图形用户界面 (GUI) 具有高度的可伸缩性,可以处理具有数十万个任务的工作流。 ecFlow 是开源的,使用 C++ 编写以实现最佳性能。 它在 UNIX 平台上运行,在 Linux 上具有多年的经验,最近用在 macOS 上。
ecFlow 的版本 5 在功能,性能,安全性和可维护性方面带来了许多现代化改进。
ecFlow 的架构
ecFlow 使用 C/S 架构 (图1)。 ecFlow 服务端管理多个套件 (suite),每个套件都是任务的分层集合。 可以使用可确保其语法正确性的 Python API 定义复杂的套件 (图2)。 更简单的套件可以通过纯文本文件定义。 服务端将任务提交给将要运行的计算机,并在执行过程中接收更新。
可以使用任何脚本语言 (例如 shell 或 Python) 定义任务。
可以对这些脚本进行参数设置,这意味着同一个脚本可以用于多个有不同设置的任务。
例如,脚本变量 FORECAST_STEP
在一个任务运行时可以设置为 6,而在另一个任务运行时可以设置为 12。
脚本还可能包含嵌入式 ecFlow 命令,这些命令会将任务状态传达回服务器,例如,显示进度或触发另一个任务开始运行。 对于这些嵌入式命令的复杂调用,可以使任务动态修改服务端的套件,从而实现自适应工作流,而无需将修改后的套件手动加载到服务中。
ecFlow 并不与可能位于工作负载前端的任何特定队列系统绑定,但可以通过使用通用提交脚本将ecFlow 的任务提交到任何队列系统。
译者注:NWPC 使用脚本将 ecFlow 作业脚本提交到 Slurm 运行
ecFlow 客户端应用程序包括一个图形用户界面 ecFlowUI 和一个命令行程序 ecflow_client
,两者都可用于查询和修改服务。
图1
各种客户端 (GUI,Bash,Python API) 可以使用 TCP/IP 或 SSL 协议与 ecFlow 服务进行双向通信。 服务可以直接运行任务,也可以将它们提交到队列系统。 无论哪种方式,任务仍然可以与服务通信。 服务在日志文件中跟踪事件,为过去事件的统计分析 (例如给定任务的平均持续时间) 提供基础。 定期将 checkpoint 文件写入磁盘,以提供服务内部状态的备份。 在将服务升级到 ecFlow 的较新版本时,也可以使用此机制来提供连续性。
import os
from ecflow import (
Defs,
Suite,
Fmaily,
Task,
Edit,
Trigger,
Client
)
home = os.path.join(
os.getenv("HOME"),
"example"
)
defs = Defs(
Suite(
"test",
Edit(ECF_HOME=home),
Family(
"f1",
Edit(SLEEP=20),
Task("t1"),
Task(
"t2",
Trigger("t1 == complete")
)
)
)
)
图2
一个简单的 Python 脚本示例,创建一个新的套件,其中包含两个任务,第二个任务将在第一个任务完成后立即运行。 然后使用默认设置将该套件加载到服务上。
图形用户界面
ecFlowUI 是 ecFlow 的图形用户界面 (图3),使用 C++ Qt 库编写。 ecFlowUI 支持对工作流程的实时监控,允许启动、暂停和终止作业。 可以即时编辑套件的许多方面,包括作业脚本本身及其关联的变量。 可以使用高效的内置查看器查看实时和历史作业输出,该查看器可以处理任意大小的输出文件。 节点之间的依赖关系可以图形形式显示,内置的日志分析器可以帮助微调工作流。
ecFlowUI 可以一次监视多个 ecFlow 服务,并具有仅显示部分套件或任务的功能。 它还可以用于将一组任务从一个服务迁移到另一个服务。
图3
ecFlowUI 提供了一个用于查看套件并与套件进行交互的丰富环境,其中包括一个新的 Trigger Graph 视图,显示套件中各项之间的依赖关系。
ecFlow 版本 5
ecFlow 4 的一个限制因素是它的 C/S 通信对其链接的 boost 库版本更改非常敏感。 这意味着,如果使用不同版本的 boost 编译,那个单个客户端无法与所有正在运行的服务进行通信。 该技术还限制在通信协议中进行哪怕很小更改的能力,而这有时是开发新功能所必需的。
ecFlow 5 现在使用 JSON 格式进行通信,并且客户端和服务器可以自由使用不同版本的 boost。 此更改还允许添加新功能,而不会破坏与旧服务器或客户端的兼容性。
译者注:V5 版本使用 cereal 作为 JSON 序列化库
随着通信的进一步改进,ecFlowUI 现在可以使用更少的网络请求与服务器进行通信,这意味着更少的网络流量。 一项内部改进是 ecFlow 5 使用了 C++14 标准的特性,从而简化部分代码并提供性能优势。
ecFlow 5 具有 ECMWF用户以及成员国和合作国所要求的许多其他新功能,包括:
- 改进的安全功能,例如集成 SSL 和基于密码的访问;ecFlowUI 现在可以在同一会话中查看基于SSL 和基于非 SSL 的服务。
- ecFlowUI 现在具有交互式 trigger graph 视图,以显示节点和属性的相互依赖关系。
- 服务现在支持自动存档和自动还原,从而允许套件的一部分在完成后动态写入磁盘,并在以后还原。这有助于处理超大型套件。
- 改进的功能可以帮助用户诊断问题,例如,当工作负载故障或正在运行的作业与服务记录分离时。
- 限制提交或活动任务数量的附加控制。
- 各种较小的特性可帮助优化套件定义
ecFlow 的稳定性已通过 ECMWF 的日常运行验证。 此外,每晚都会进行大量测试,以确保其发行版中不会出现任何退步。 凭借其成熟性和经过验证的适用性,未来在 ecFlow 上的工作将着重于这种维护和稳定性的延续,而不是大型的新开发。
迁移到 ecFlow 5
ECMWF 的许多业务已经迁移到 ecFlow 版本 5。 ECMWF 的计算中心移至 Bologna 后,将仅提供版本 5。 幸运的是,从 ecFlow 4 迁移到 5 很简单,并且主要涉及停止当前运行的服务,然后使用 ecFlow 5 重新启动它。 迁移页面提供了更多详细信息。
https://confluence.ecmwf.int/display/ECFLOW/Migration+to+ecflow+5
重要的是要注意,由于通信协议的更改,版本 5 的服务只能使用版本 5 的 ecFlowUI。 还值得注意的是,尽管当前版本的 ecFlow 同时支持 Python 2 和 3,但是一旦在 Bologna 中运行,将仅支持 Python 3。 因此,建议确保尽快迁移任何套件,以避免出现最后的问题 (last-minute problems)。
获取
ecFlow 已安装在所有 ECMWF 的计算平台上,包括成员国和合作国服务器 ecgate。 如果您计划在 ECMWF 上运行业务 ecFlow 服务,请联系 User Services,后者将很高兴为您提供最佳设置方法的指导。 当前有一个默认版本和一个新版本的 ecFlow 5。 要使用其中之一,请使用以下命令:
module load ecflow/5
module load ecflow/5new
对于 ECMWF 的计算平台之外的用途,ecFlow 还可以作为二进制安装在 conda 平台上,可通过conda-forge 渠道使用以下命令获得:
conda install ecflow -c conda-forge
该源代码也可以在 GitHub (https://github.com/ecmwf/ecflow) 上找到,也可以从 ecFlow Confluence 页面上的压缩包 (https://confluence.ecmwf.int/display/ECFLOW/) 获得。
讨论
ecFlow 是 NWPC 当前使用的唯一工作流软件。 从 2018 年 CMA-PI 投入业务运行开始,NWPC 已使用 ecFlow 累计运行数值预报业务系统超过 2 年半时间。 尽管曾经遇到各种各样的问题,也曾有过因 ecFlow 卡住而导致定时业务系统没有按时启动,但类似的故障往往不是由 ecFlow 本身的问题导致,可能都与 HPC 的文件系统性能有关。 从总体应用情况看,ecFlow 完美地保障了 GRAPES 系列数值预报模式业务系统的稳定运行。
目前 NWPC 使用 ecFlow v4.11.1 版本,正计划考虑切换到 V5 版本。 但正如其它业务系统底层支撑软件几乎不会更新一样,ecFlow 的版本切换也仅仅是正在谋划当中。 虽然无需改动系统脚本就能实现切换,但总得有一个逐步测试的过程,而且基于当前版本开发的 ecFlow 工具也需要考虑与新版本的兼容性问题。 不过,笔者至少在今年第一季度对这个过程的兴趣不大,没有将其放到任务列表中。 也许这种没有太多挑战性的工作往往没有太大的吸引力,而我也不可避免地陷入到一个本不想进入的状态:
对于不能形成有效成果的通用型任务都没有多大兴趣
应该需要警惕逐渐出现的这种状态,与个人的理想状态相去甚远。
其实对于切换 ecFlow V5 版本,笔者有更多的想法。 当前 CMA-PI 上的 ecFlow 仅提供 Python 2 接口,如果有可能,尽量在新版本开始使用 Python 3 接口,将 Python 3 全面引入到业务系统运行环境中。 另外当前各个系统相互独立,没有构建模板,没有共享组件,缺乏代码复用。 虽然部门已有形成一套通用系统建设框架的想法,但这不是一件非常容易的事情。 只要思考下形成当前系统建设模式的背景,就会发现在该领域涉猎不深的缘由。 从 ecFlow 未来不会有新功能开发来看,这次切换可能是一段时期内对业务系统建设有所变革的唯一机会,就看到时候会如何选择了。 不过,正如我在一个月前的文章中所说的,新的一年要有新的开始,我还是不要再继续思考这个问题了。
参考
原文:
ecFlow 5 brings benefits to Member States
两篇使用 ecFlow 构建业务系统的参考文献:
- 张志远, 孙立尹, 何锡玉, 等. 海洋环境数值预报业务综合运维平台设计与实现 [J]. 海洋预报, 2019, 36(3): 63-70.
- 杜牧云, 赖安伟, 李俊, 等. 基于ECFLOW实现华中区域快速更新同化预报业务流程 [J]. 气象科技, 2019, 47(1): 179-185.
NWPC 基于 ecFlow 开发的工具项目请访问如下网址:
笔者翻译的 ecFlow 教程中文版(非最新版):
https://perillaroc.github.io/ecflow-tutorial-cn/
2020 年翻译的一篇介绍 ecFlow V5.0 版本的文章:
关于 ecFlow 和工作流的更多文章请查看本博客的 ecFlow 标签和 meteorology/workflow 分类。