HPC上安装R语言环境

programming/R, meteorology/hpc

注：CMA-PI 上已于 2021 年 1 月 12 日安装 R 4.0.3 版本，可以直接使用。

CMA-PI 上 R 语言目前只有 3.2.1 版本，要使用最新的 4.0.3 版本，需要用户自行安装。

R 语言二进制安装包需要管理员权限，普通用户在 HPC 中安装 R 环境需要下载源码并编译。

从官网上下载 4.0.3 版本源码并解压，按如下的命令方法编译。

注：PyCharm 的 R 插件需要使用 R 语言动态库，所以配置命令中使用 --enable-R-shlib 选项。

module load mathlib/pcre/8.42/gnu
module load compiler/gnu/7.2.0
./configure --prefix=/g11/wangdp/lang/R/4.0.3/install --with-pcre1 --enable-R-shlib
make -j8
make install

仿照 apps/R/3.2.1，为编译的 R 环境配置 modulefile。

#%Module1.0
module-whatis    R dev toolkit..
setenv           APPS_ROOT /g11/wangdp/lang/R/4.0.3/install
prepend-path     PATH /g11/wangdp/lang/R/4.0.3/install/bin
prepend-path     MANPATH /g11/wangdp/lang/R/4.0.3/install/share/man

PyCharm 的 R 插件需要设置 R 解释器的路径，我将其设置为一个单独创建的脚本 R.sh，首先加载需要的环境，再执行 R 命令。

#!/bin/bash
module load mathlib/pcre/8.42/gnu
module load compiler/gnu/7.2.0
module load wangdp/lang/R/4.0.3
R $@

将远程 R 解释器设置为该脚本后，可以正常加载 R 环境。