NWPC高性能计算机环境介绍:作业管理

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本文是 NWPC高性能计算机环境介绍 系列文章的一部分。

本文内容部分参考ECMWF的文档《Batch Systems》。

直接运行与批处理

之前章节介绍过,高性能计算机系统由少量的登陆节点和大量的计算节点组成。

直接在登录节点上运行程序就是下图所示的情形,登陆节点上跑了大量的程序,导致登陆节点响应速度降低,而大量计算节点处于空闲状态。

我们在平时工作中经常会遇到登陆节点执行命令卡住的情况,大部分都是因为某用户在登录节点上运行大量程序,导致 CPU 占用过高。

登陆节点上直接运行程序,图片来自ECMWF的《Batch Systems》

我们应该将作业提交到计算节点上以批处理的方式运行,如下图所示。这就需要使用作业调度系统。

提交到计算节点上运行程序,图片来自ECMWF的《Batch Systems》

为了保证系统正常提供服务,请不要在登录节点上运行程序。

直接运行

某些特殊情况下,我们仍然需要在登录节点上运行程序,例如编辑文件、编译程序等。

登录节点上直接运行程序有下面几种方式:

交互方式

命令行输入程序名及参数,程序在登录终端前台运行,程序运行结束才能运行下一条命令。

./your_program arg1 arg2

后台方式

使用&在后台运行程序,同时执行其他操作。此种方式需要保证登录终端一直存在才能运行结束。

./your_program arg1 arg2 &

我们使用 ecFlow UI 监控数值预报业务系统一般使用这种方式。

如果需要在登录终端退出后依然运行程序,则使用 nohup 运行程序。

nohup ./your_program arg1 arg2 &

ecFlow 的后台服务就是使用 nohup 命令使程序与终端解绑。

作业调度系统

PAI 上的批处理由 Gridview 综合管理系统实现,该系统基于开源作业调度系统 Slurm Workload Manager开发。

Slurm Workload Manager 主要提供一下功能:

  • 运行和管理批处理作业
  • 资源申请
  • 作业调度

在作业调度系统中运行的批处理作业一般都是 shell 脚本,使用某些特殊指令描述作业属性。

作业调度原理

下图说明作业调度系统的原理。

作业调度系统原理,图片来自ECMWF的《Batch Systems》

批处理系统负责对计算节点进行组织,提供队列、优先级和限制等功能。 用户从登陆节点可以提交作业和查询批处理系统的状态。 批处理系统从计算节点获取节点和作业信息。

作业调度系统的基本任务

不同作业调度系统提供不同的命令和方法,但提供的功能大多相似:

  • 向调度系统提交作业
  • 检查队列的状态
  • 检查作业是否运行
  • 从调度系统中取消或删除某个作业

在创建脚本时,通常会在脚本开头添加 特殊注释,定义作业的属性。例如:

  • 作业名
  • 队列名
  • 使用资源(处理器个数、内存等)
  • 标准输出、标准错误输出文件
  • 工作路径
  • 时间限制

任务队列

不同队列有不同的优先级和限制。

所有用户可以使用的队列(子系统2)

队列名描述优先级节点个数节点名
serial串行队列100024cmbc[0011-0034]
normal并行队列10001479cmbc[0035-1538]
largemem大内存并行队列1000230cmbc[0035-0260]

仅限业务账户使用的队列(子系统2)

队列名描述优先级节点个数节点名
serial_op串行队列100024cmbc[0011-0034]
operation并行队列20001479cmbc[0035-1538]

可以看到 serial/serial_op、normal/operation 是共享节点的,largemem 和 normal/operation 共享部分节点。

业务账户具有最高的优先级,在资源不够的时候会抢占对应队列的资源。 建议大家在非业务运行高峰时间段提交作业,避免被抢占。

查询队列状态

使用 sinfo 命令查看队列状态。

sinfo命令查看队列状态

STATE 代表节点状态,含义如下图所示:

节点状态含义
idle空闲
alloc被占用
mix部分占用
down不可用
drain管理员下线

使用 sinfo -s 可以查看队列的汇总状态。

sinfo -s 命令查看队列状态

NODES 列是各种状态的节点个数,节点状态如下表所示

节点状态含义
A占用
I空闲
O其它
T总数

编写作业脚本

提交作业前需要首先便也作业脚本。

作业是一个 shell 脚本。 第一行必须指定 shell 解释器,如 bash、ksh、csh 等。

指令是 shell 注释。以 #SBATCH 开头,#SBATCH 中间没有空格。 不能展开 shell 变量,仅是 shell 注释。

必须设置comment参数,指定运行的模式名称,例如 GRAPES。

#!/bin/ksh

# 作业名称
#SBATCH -J GRAPES

# 队列名称
#SBATCH -p operation

# 标准输出文件
#SBATCH -o /g2/nwp/ECFOUT/gmf_grapes_gfs_v2.4/06/model/fcst_long.1

# 标准错误输出文件
#SBATCH -e /g2/nwp/ECFOUT/gmf_grapes_gfs_v2.4/06/model/fcst_long.1.err
  
# 注释,必须设置
#SBATCH --comment=GRAPES

# 特殊指令,出错后不自动重新提交
#SBATCH --no-requeue

# 节点个数
#SBATCH -N 128

# 每个节点使用的CPU数
#SBATCH --ntasks-per-node=30

作业指令

作业指令可以在shell注释中以 #SBATCH 开头的指令设置,也可以在使用 sbatch 命令提交作业时使用命令行参数设置。

常用的作业指令如下:

指令描述示例
–job-name / -J作业名称#SBATCH –J GRAPES
–comment指定运行的模式名称#SBATCH –comment=GRAPES
–partition / -p指定队列#SBATCH -p normal
–nodes / -N节点个数#SBATCH -N 2
–ntasks / -n任务个数(一般为处理器总数)#SBATCH -n 64
–ntasks-per-node每个节点使用的处理器数量#SBATCH –ntasks-per-node=32
–cpus-per-task每个任务使用的处理器数量(OpenMP线程)#SBATCH –cpus-per-task=4
-t 天-时:分:秒作业运行时间#SBATCH –t 00:20:00
–output / -ostdout输出文件#SBATCH -o %j.out
–error / -estderr输出文件#SBATCH -e %j.err

说明:

  • nodes、ntasks、ntasks-per-node:一般只需要指定2项,第3项可以由另外两项推导出。
  • partition:串行作业必须使用串行节点。
  • t: 某些情况下,作业运行出错后不会自动退出,最好设置墙钟时间。业务系统必须设置,避免作业运行时间过长。

模式名称

使用 modelname 命令查看支持的模式名称。

modelname命令查看支持的模式名称

数值预报中心一般使用GRAPES即可。 该项参数主要是用于统计高性能计算机资源都用于何种用途,所以强烈建议数值预报中心使用 GRAPES 作为 comment 参数。

作业脚本示例

示例1:串行作业

下面代码是全球 GRAPES 预报后处理系统使用 ncl 画图的脚本,是一个串行作业。

#!/bin/ksh
#SBATCH -J GRAPES
#SBATCH -p serial_op
#SBATCH -o /g2/nwp_pd/.../RAIN24_SFC_FC_AEA_sep_024.1
#SBATCH -e /g2/nwp_pd/.../RAIN24_SFC_FC_AEA_sep_024.1.err
#SBATCH --comment=GRAPES
#SBATCH -t 00:10:00
#SBATCH --no-requeue

# ...skip some codes...

ncl ${file_name}
示例2:并行MPI作业

下面代码是全球 GRAPES 集合预报模式积分任务,是一个并行作业。

#!/bin/ksh
#SBATCH -J GRAPES
#SBATCH -p operation
#SBATCH -o /g2/nwp_qu/ECFLOWOUT/.../forecast.1
#SBATCH -e /g2/nwp_qu/ECFLOWOUT/.../forecast.1.err
#SBATCH --comment=GRAPES
#SBATCH -N 32
#SBATCH --ntasks-per-node=32
#SBATCH --no-requeue
#SBATCH -t 01:45:00
#SBATCH --exclusive

srun --mpi=pmi2 ./grapes_global.exe

运行并行程序的具体方式由并行计算课程单独介绍,不属于本教程的一部分。

提交作业

使用 sbatch 向 slurm 提交作业。上一节提到作业参数的设置方法:

  • 脚本中使用指令(以 #SBATCH 开头的 shell 注释)
  • 使用与指令相同的命令行参数

作业提交成功会返回作业号

sbatch提交成功会返回作业号,本例中作业号是 3217587

作业提交失败会返回错误消息

sbatch提交失败会返回错误信息,本例中作业脚本没有指定comment参数

判断作业是否提交成功

我们可以使用上面的输出判断作业是否提交成功。

下面的代码源自业务系统在 ecflow 中提交作业使用的命令,可以访问 /g1/u/nwp/bin/slsubmit6 查看源代码。

第2行使用 sbatch 提交作业,并将标准输出保存到 submit_output 变量。

第4行从输出中提取作业号,第6行会判断作业号是否提取成功。如果提取成功,说明作业提交成功;如果作业号为空,说明作业提交失败。

 1#!/bin/bash
 2submit_output=$(sbatch ${job_name} 2>>${submit_log_path})
 3
 4rid=$(echo ${submit_output} | cut -d ' ' -f 4)
 5
 6if [ -n "$rid" ]; then
 7	echo "Job submit success: ${task_name}"
 8    # do something: set a flag...
 9else
10	echo "Job submit failed: ${task_name}"
11    # do something: show an error...
12fi

检查作业

判断脚本是否在Slurm中运行

对于串行作业来说,同一个脚本可以在串行队列中运行,也可以在登录节点上运行。

尽管之前提到过不应该在登录节点上运行程序,但业务系统中某些任务不适合在登录节点上运行。

循环检测模式输出文件的作业一般会运行1到2个小时,如果在串行队列中运行,会长时间占用一个任务槽。 该任务大部分时间调用 sleep 命令,占用 CPU 较小,所以可以将其放到登录节点上运行,不会影响登录节点正常使用,同时能节省串行队列。

对于不同的运行方式,我们需要获取不同的作业标识用于控制任务:

  • 队列中运行:作业号
  • 登录节点运行:进程号

所以我们需要判断脚本是否在Slurm中运行。

Slurm运行作业时会自动设置一些环境变量,例如:

  • SLURM_JOB_ID: 作业号
  • SLURM_NODELIST: 节点列表

业务系统使用如下的脚本判断作业是否在Slurm中运行

#!/bin/ksh
JOB_ID=$( echo ${SLURM_JOB_ID:-0.0} )
if [ $JOB_ID -eq 0 ] ; then
  JOB_ID=$$
  echo "JOB is running on login node"
else
  echo "JOB is running on Slurm"
fi

squeue

squeue 显示正在运行或等待的作业信息。

squeue显示slurm中当前所有作业的状态

ST 代表作业状态,具体含义见下表。

作业状态含义
PD等待资源
R正在运行
S挂起
CD作业正常退出
F作业异常退出
PR作业被抢占
TO作业超时被杀

其中PD和R是最常见的状态。

slclient

slclinet query 是封装的 slurm 查询程序,程序放在 /g1/u/nwp/bin/slclient

slclient query 输出

该工具是 NWPC 开发的开源项目,如果对该项目感兴趣请访问 https://github.com/nwpc-oper/slurm-client-go

取消作业

scancel 取消指定的作业,主要参数如下:

  • -i: 交互模式
  • -v: 显示
  • -u: 用户名

scancel jobid: 取消作业号为 jobid 的作业

scancel取消特定作业号的任务

scancel -u user: 取消用户 user 提交的所有作业

scancel 取消用户 wangdp 提交的所有作业

为什么作业没有运行

提交作业后往往会遇到作业没有立即运行的情况,squeue 输出的最后一列会给出提示。

squeue 最后一列说明未运行的原因

常见的未运行原因如下表所示:

原因描述
Priority其他作业优先级更高
Resources没有足够的资源
JobHeld作业被挂起
PartitionNodeLimit作业请求的节点数超过分区的作业节点数限制
PartitionTimeLimit作业请求的运行时间超过分区的作业运行时间限制
PartitionDown作业所在的分区处于 DOWN 状态
QOSMaxJobsPerUserLimit超过最大运行作业数限制
QOSMaxCpuPerUserLimit超过最多使用CPU核数限制
Dependency其他依赖作业没有完成

最常见的原因就是没有足够的资源或者被业务系统作业抢占资源。

队列使用规则

每个账户都有队列使用限制,这里列出 2018 版培训 PPT 中给出的限制数,2019 年应该由修改,具体情况请咨询高性能计算机管理员。

CPU核数

每个用户最多使用 4100 核(8200?)

作业数

每个用户最多运行 50 个作业;最多提交 200 个作业(所有队列作业和)

每个用户最多在 normal 和 largemem 队列运行10个并行作业(100?)

队列

串行作业必须提交到串行作业队列

参考

ECMWF 关于批处理系统和 Slurm 的文档

https://software.ecmwf.int/wiki/display/UDOC/Batch+Systems

https://software.ecmwf.int/wiki/display/UDOC/SLURM

https://software.ecmwf.int/wiki/display/UDOC/Slurm+job+script+examples

Slurm网站和文档

http://www.schedmd.com/

https://slurm.schedmd.com/

https://slurm.schedmd.com/tutorials.html

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