解决大量更新记录时MySQL Error 2013

更新MySQL数据库中的一百多万条记录时，出现错误：

根据网上查找的资料，修改MySQL配置文件：

依旧没有解决问题。我目前还不知道如何配置，只能从应用逻辑方面入手。
我使用两个SQL连接，一个用select语句从数据库中读取需要修改的记录，一个用update语句更新数据，每更新1%的记录，就提交update连接一次。MySQL的2013错误发生在从select的游标读数据上。
说明当前配置环境下，当数据量太大时，不能一次读取所有数据。
将读取过程也分开进行，把之前按百分比的提交改为按固定条目数（比如1000条）提交。这样就可以应对任意数量记录的更新。